A primeira igreja que se tem registro nas terras de Santa Cruz data de 1751, quando ficou pronta a residência dos Jesuítas que vieram administrar a fazenda.
Inicialmente a padroeira de Santa Cruz era Santa Bárbara.
Em 1759 o Marquês de Pombal expulsa os Jesuítas do Brasil e a Fazenda de Santa Cruz passa a ser domínio da Coroa, sendo seu responsável o Vice-Rei.
Em 24 de julho de 1760, a igreja recebeu, do Vice-Rei Marquês de Lavradio, o título de Paróquia de Santa Cruz, tendo como padroeira Nossa Senhora da Conceição, utilizando ainda a matriz Jesuítica.
Em 1808, a Família Real Portuguesa chega ao Brasil, logo em seguida encontram na Fazenda de Santa Cruz um refúgio de Veraneio. Em 1889 a Família Imperial é deportada e a Sede da Fazenda passa a ser ocupada pelos militares. Apenas em 1896 foi erguida nova igreja no Bairro de Santa Cruz, em região mais afastada daquela que trazia memórias imperiais.
Na Praça Dom Romualdo, no alto do morro estava a primeira igreja construída em consagração a Nossa Senhora da Conceição. Lá esteve até 1971, quando fora demolida dando espaço exclusivamente a Paróquia que vemos hoje.
A igreja nova:
Idealizada por Padre Guilherme Decaminada, sua construção teve inicio em 1950, mas levou 24 anos para ser concluída. Com uma arquitetura modernista e um projeto inovador, ela foi por muitos anos o maior pé-direito de um templo católico no Rio de Janeiro; perdendo esse posto quando a Catedral Metropolitana do Rio de Janeiro foi consagrada.
Visionário, o Padre Guilherme incluiu nas plantas do templo a construção de um Cine-Teatro; proporcionando acesso da população local a atividades culturais e de lazer com o Cine Fátima.
40 anos depois da consagração do novo templo, a Rio-Urbe fez uma vistoria que apresentou a necessidade latente de reforma estrutural. Assim surgiu o Projeto S.O.S. Paróquia Nossa Senhora da Conceição, que mobilizou toda a comunidade Santacruzense (incluindo os não-católicos).
Após a conclusão da obra, no ano de 2013 a Paróquia Nossa Senhora da Conceição recebeu a Cruz Peregrina da Jornada Mundial da Juventude e, então, centenas de milhares de pessoas do mundo inteiro puderam conhecer as instalações do templo após a reforma.
