Inicialmente como uma Fazenda Jesuítica que respeitavam as orientações Papais, eles não era permitido escravizar os nativos. Quando possível, os utilizavam na catequização de outras tribos.
Contudo, não havia restrições escritas quanto ao uso de mão de obra negreira. E dentro dos moldes “cristãos” da época, os escravos desta Fazenda recebiam melhores tratamentos do que na maioria das Fazendas de Colônias Portuguesas, tendo suas tradições mantidas pela Coroa mesmo após a expulsão dos Jesuítas do Brasil, pelo Marquês de Pombal.
Os escravos aqui recebiam nomes portugueses, seus filhos tinham direito ao batismo, os casamentos seguiam as tradições católicas e após sua morte, recebiam as honras fúnebres e poderiam ser enterrados no quintal da Igreja; com a criação do “Campo Santo”, posteriormente, também poderiam ser enterrados no cemitério da Fazenda. Diferente das senzalas superlotadas e insalubres ocorridas na maioria dos casos, aqui elas eram unifamiliares (uma por familia) dividida em dois Bairros na frente da Sede da Fazendas Pacotiba (126 casas) e Limeira (106 casas).
Cada nucleo familiar recebia uma roça, na qual aos sábados, domingos e dias de guarda (feriados religiosos) eles poderiam trabalhar por conta própria (seja para alimentar a família ou para produção e venda independente).
Além do mais, há registro de um primeiro “hospital” voltada a população escrava, onde cuidavam de escravos cegos, enfermos ou acidentados, tendo registro de aqueles que não teriam mais condições de retornar as atividades laborais eram alimentados e cuidados no hospital até o fim de suas vidas.
Ao lado do hospital, diariamente as 9h da manhã os filhos livres de escravos tinham direito a uma refeição cedida pela Fazenda: Arroz, Feijão e Farinha.
Tantas “regalias” fez com que o número de evasão e fugas registradas na Fazenda Santa Cruz fosse bem menor do que nas demais.